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攻克FFPE样本RNA降解难题,赛陆推出高灵敏度空间转录组FFPE一体化方案

2026-07-09 17:03   来源: 互联网

7月2-3日,2026第八届分子诊断产业大会在武汉圆满落幕,本次大会聚焦分子诊断国产化、时空多组学临床转化前沿,汇聚临床病理、测序平台、药企、高校科研等领域专家,共探行业技术革新与产业发展新路径。

大会首日,赛陆研发总监傅德丰受邀在STO单细胞与多组学及多技术前沿创新论坛作了题为《高灵敏度捕获测序法空间多组学的方法开发及应用》的分享,演讲现场正式推出赛陆空间转录组FFPE一体化解决方案

该方案针对性攻克行业核心痛点:高效修复FFPE样本RNA交联降解问题,优化芯片原位捕获体系,提升组织RNA释放效率与基因捕获总量,显著降低测序背景噪音,并实现1μm亚细胞级超高分辨率检测,为临床留存样本空间图谱解析提供完整国产技术方案。

论坛现场

一、技术背景

当前,全球医院、生物样本库与科研机构储存的临床病理样本,绝大多数为福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)标本。这类样本完整留存组织形态、患者诊疗与长期随访数据,蕴藏肿瘤、免疫、退行性疾病等海量关键分子信息,是支撑疾病机制研究、靶点筛选、精准医疗与新药研发不可替代的 “生物样本金矿”。

传统测序技术丢失组织空间位置信息,常规空间转录组难以适配降解交联的石蜡标本RNA,无法充分释放留存样本科研价值。空间转录组FFPE技术可原位解析组织基因空间表达模式,打通病理形态与分子表达联合分析路径,为大规模回顾性临床队列研究开辟全新路径。

二、技术原理

赛陆空间转录组FFPE一体化解决方案,依托自研高分子修饰高密度条码芯片开展原位捕获:FFPE切片经脱蜡复水、解交联处理后,组织内mRNA原位释放,经逆转录加尾后进行分子转片,将逆转录获得的cDNA从组织切片转移到捕获芯片上,cDNA与芯片上携带独有空间条形码的高密度探针结合从而获得空间位置信息;然后进行文库建库、高通量测序,通过空间条码还原每一条转录本对应的组织原位坐标,同步匹配同片 HE 病理成像数据,最终实现组织形态与全转录组空间表达信息一体化定量解析。 方案配套专属优化试剂,针对性逆转福尔马林造成的核酸交联损伤,大幅提升降解 mRNA捕获效率,同时依靠高密度点阵设计实现亚细胞级空间定位。

图一 Salus 空间转录组FFPE技术原理

三、核心技术特点

1. 亚细胞超高分辨率:捕获中心点间距达1μm,相较传统商用方案分辨率大幅提升,可精准区分癌巢、免疫浸润、间质等微小组织分区,清晰分辨局部细胞亚群空间分布异质性,解决大斑点信号混杂、细微病理区域信息丢失难题。

2. 无偏全转录本捕获:无需靶向探针设计摒弃限制性靶向捕获模式,原位抓取组织内全部mRNA,无需提前定制基因探针,完整保留样本全部转录组信息。既能稳定检出低丰度调控转录本,也可高效挖掘未知新转录本、潜在疾病标志物,无预设基因范围限制,拓宽基础科研与靶点筛选边界。

3. 超高捕获效率:依托赛陆自有测序平台独有高分子修饰芯片底层技术,大幅提升芯片表面探针负载量,探针密度高达~55000个 /μm²。高密度探针可高效结合FFPE中碎片化mRNA的反应产物、交联降解mRNA,显著提升有效基因捕获数量。

4. 拓展性强:病理与分子数据融合分析同切片兼容HE染色与转录本原位捕获,生成复合可视化图谱,直观对照基因高表达区域与病灶、免疫浸润等病理特征;广谱适配多物种、多类型组织,覆盖人、小鼠、大鼠、非人灵长类等模式生物,兼容肿瘤、肝肾、感染病灶等各类FFPE石蜡样本。

图二 部分样本结果展示

四、送样标准

表一 FFPE样本送样标准

五、交付成果

原始测序下机数据、空间基因表达矩阵、标准化空间转录组生信分析报告,支持高阶多组学联合深度解读。

六、小结

海量FFPE临床留存样本,是转化医学与精准医疗研究的核心战略资源,却长期受RNA降解、捕获效率低、背景干扰大、空间分辨率不足等问题制约,难以实现深度价值挖掘。

赛陆空间转录组FFPE一体化解决方案,以亚细胞级分辨率、无偏全转录本捕获、超高密度探针芯片、病理分子一体化融合为核心突破,直击行业共性技术瓶颈,真正打通FFPE样本空间转录组研究的全流程壁垒。可广泛支撑肿瘤微环境解析、大规模临床回顾性队列研究、新药靶点发现与病理机制研究等关键场景,让珍贵的临床留存样本真正转化为可解读、可复用、可转化的科研与临床价值。

未来,赛陆将持续深耕国产化空间多组学技术创新,依托标准化实验体系与智能化分析工具,持续解锁FFPE样本中潜藏的疾病分子信息,推动空间转录组技术从科研走向临床,为国内精准医疗与转化医学发展提供坚实的底层技术支撑。

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本次大会,赛陆近距离洞察了种业领域前沿技术风向与未来发展趋势,借助与全球行业精英的深度交流,进一步明晰了产品迭代与市场拓展的核心方向。赛陆测序平台可快速、精准获取作物表型数据,为科研人员加速优良品种选育进程提供强有力技术支撑,助力筑牢全球粮食安全防线,为农业现代化建设贡献力量。作为赛陆继Salus Pro之后在临床合规领域的又一里程碑成果,素有低通量测序“速度之王”美誉的国产基因测序设备Saluseq Nimbo,已正式取得全国医疗市场准入资质,成功迈入规范化临床应用新阶段。这款设备凭借全应用场景合规资质、极速精准的检测性能及全链条国产化实力,不仅为院内即时检测打造了高效解决方案,更将持续推动国产基因测序技术在临床领域的深度渗透,为精准诊疗事业注入强劲的国产动力。

国产优选测序方案

关于赛陆

赛陆创办于2020年,是国家高新技术企业和国家专精特新小巨人企业,专注于开发自主知识产权的上游测序平台、超分辨空间组学平台和固相基因芯片检测平台,实现基因组学、空间组学以及基因芯片产品的自主开发及科研临床端转化。公司突破了以往测序和组学产品在通量、成本、分辨率、自动化等方面的瓶颈,取得国家药监局NMPA三类医疗器械注册证、欧盟CE-IVDR等多项关键认证。公司发展迅速,现拥有国际领先的测序、组学和芯片平台,可以为中下游应用提供全面的解决方案,产品畅销海内外。

责任编辑:胡编.
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